新风系统的维护是一个经常被忽视的重要项目。为确保卫生、安全和功能稳定，就需要定期清洁和维护这类系统。时间间隔取决于当地室外空气的质量、湿度和设备本身。根据相关标准，系统需要至少每2年进行一次清洁和维护。

　　而对于有的新风系统来说，当地服务提供商需要配备专用管道清洗设备，并接受系统规范方面的技术培训，标准是每年清洁保养一次。

　　有的壁挂式新风机也需要定期维护和清洁室外出风口。如4月柳絮季结束，11月雾霾季开始，对室外出风口、室外管道、机库、检查库等进行检查、清理。中间密封，以保持机器处于较好运行状态。

　　新风系统拼凑在一起，造成部分部位保温不足，产生冷凝水，滋生细菌，造成二次污染。空气是各种气体的混合物，包括水蒸气。空气中所含的水蒸气是有限的，温暖的空气可以容纳更多的水蒸气。当热空气变冷并达到空气的露点温度时，凝结水会在空气中沉淀，凝结水的积聚和滞留会导致细菌生长并产生异味。因此，新风系统的凝结水是一个普遍需要注意的问题。